Basada en el Sermón del Monte, la Iglesia que crecía en medio de una persecución constante, desarrolló una estructura abierta y versátil con la cual desarrollo su cristianismo sencillo y liberador.
La estructura eclesiológica descentralizada de los anabaptistas le otorgaba a la lectura comunitaria de la Biblia, en cada grupo, la máxima autoridad de interpretación y enseñanza.
Contemporáneos de una convulsionada etapa de la historia europea consideraban que la reunión –asamblea,ekklesia– de los creyentes constituía la máxima autoridad, eliminando así a papas y demás jerarquías de la misma manera que las naciones nacientes reemplazaban a los emperadores. Difícil es establecer quién era influencia de quién por esos días en los que la liberación espiritual, por medio de la revelación bíblica, estaba atada a los poderes fácticos, no por decisión de la Reforma, sino por la injerencia de la religión en la vida institucional de imperios, reinos y naciones.
Su apego a la Biblia como única regla de fe y conducta los volvía contrarios a credos, papas, concilios y enseñanzas de teólogos universitarios. El estudio bíblico, realizado por la comunidad de fieles, frecuentemente campesinos sencillos, valía como autoridad.
La única premisa en la lectura bíblica era el principio cristológico, es decir, la relación entre los testamentos es de promesa y cumplimiento. Conocer a Jesús modifica todo lo demás y determina nuestra aplicación de todo el texto bíblico.
Esta fe, basada en forma práctica en las Escrituras, los sumergía en una espiritualidad profunda, una devoción sentida y una santidad moral personal enraizada en las enseñanzas del Sermón del Monte –base inobjetable de sus creencias–, que los llevaba a desembocar en un concepto de ética de amor indefenso, es decir, objeción de conciencia y no de violencia.
Por su inconformismo con el mundo, sus reglas se basaron en las enseñanzas de Jesús, superadoras a toda ley humana.
Algunos de los grupos sostenían conceptos milenaristas sobre el retorno del Salvador y la instauración del Reino Milenial, sumando otra razón a la pasión evangelizadora y misionera proveniente de la convicción de la relación personal con Jesús, experiencia ligada al derecho a decidir de cada quien.
Este concepto claro sobre la salvación y la transformación de la gente, los diferenciaba del luteranismo, que pretendía producir la Reforma dentro de la Iglesia como institución.
Para los anabaptistas la salvación era una experiencia y decisión individual, que cuando se producía, hacía salva a la persona sin importar la aceptación de la misma por parte de la institución eclesial, fuere de la orden que fuere.
La Reforma luterana pretendía producir un cambio dentro de la Iglesia y que esta cambiase su teología para aceptar la salvación por la fe.
Con un concepto más comunal, los luteranos mantenían el bautismo de infantes, el concepto de las instituciones como parte de la Reforma y, por ende, su relación de interdependencia con el Estado. Por su parte, los radicales sostenían la experiencia personal de salvación, la integración a la comunidad por medio del bautismo –siempre posterior a la conversión en el creyente– y la total independencia del Estado, sin importar su signo político ni creencia.
Rehusaban interpretar a Cristo, su fe los impulsaba a conocerlo, por lo tanto, la salvación provenía de la comunión con Jesús; la búsqueda de su persona y la entrega incondicional de sus vidas y el consiguiente bautismo eran sus estandartes.